El municipio de Agurain se encuentra situado en la ladera norte de las sierras de Entzia e Iturrieta, formando una pequeña cuenca en torno al curso del río Zadorra y sus afluentes.
La red hidrográfica está compuesta por el río Zadorra y sus afluentes. El Zadorra nace en término de Munain, municipio de San Millán, por el que discurre unos tres kilómetros, para entrar ya en el de Salvatierra, por el que tiene un curso de seis kilómetros. Los arroyos Madura, Etxabe, Zaraeta, Urzabal, Salgorri, Iturritxo, Alivio, Santa Bárbara, Egileor, Zumalburu y el río de Los Apóstoles, fluyen desde las sierras de Entzia e Iturrieta. Por la derecha recibe os arroyos de Gordoa y Luzuriaga